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內(nèi)部控制無(wú)論如何有效,，都只能為被審計(jì)單位實(shí)現(xiàn)財(cái)務(wù)報(bào)告目標(biāo)提供合理保證。內(nèi)部控制實(shí)現(xiàn)目標(biāo)的可能性受其固有限制的影響,。這些限制包括：

1.在決策時(shí)人為判斷可能出現(xiàn)錯(cuò)誤和因人為失誤而導(dǎo)致內(nèi)部控制失效,。例如，控制的設(shè)計(jì)和修改可能存在失誤,。同樣地,，控制的運(yùn)行可能無(wú)效，例如,，由于負(fù)責(zé)復(fù)核信息的人員不了解復(fù)核的目的或沒有采取適當(dāng)?shù)拇胧瑑?nèi)部控制生成的信息（如例外報(bào)告）沒有得到有效使用,。

2.控制可能由于兩個(gè)或更多的人員串通或管理層不當(dāng)?shù)亓桉{于內(nèi)部控制之上而被規(guī)避,。例如，管理層可能與客戶簽訂“背后協(xié)議”,，修改標(biāo)準(zhǔn)的銷售合同條款和條件,，從而導(dǎo)致不適當(dāng)?shù)氖杖氪_認(rèn)。再如，軟件中的編輯控制旨在識(shí)別和報(bào)告超過賒銷信用額度的交易,，但這一控制可能被凌駕或不能得到執(zhí)行,。

此外，如果被審計(jì)單位內(nèi)部行使控制職能的人員素質(zhì)不適應(yīng)崗位要求,，也會(huì)影響內(nèi)部控制功能的正常發(fā)揮,。被審計(jì)單位實(shí)施內(nèi)部控制的成本效益問題也會(huì)影響其效能，當(dāng)實(shí)施某項(xiàng)控制成本大于控制效果而發(fā)生損失時(shí),，就沒有必要設(shè)置控制環(huán)節(jié)或控制措施,。內(nèi)部控制一般都是針對(duì)經(jīng)常而重復(fù)發(fā)生的業(yè)務(wù)設(shè)置的，如果出現(xiàn)不經(jīng)常發(fā)生或未預(yù)計(jì)到的業(yè)務(wù),，原有控制就可能不適用,。