1.從法律上來講，它們最主要的一個(gè)區(qū)別在于是否具有行政主體的地位,。國(guó)務(wù)院組成部門有獨(dú)立的行政主體地位,，國(guó)務(wù)院直屬機(jī)構(gòu)大部分有著獨(dú)立的行政主體資格。

2.領(lǐng)導(dǎo)的來源,，國(guó)務(wù)院組成部門是在國(guó)務(wù)院統(tǒng)一領(lǐng)導(dǎo)下,，負(fù)責(zé)領(lǐng)導(dǎo)和管理某一方面的行政事務(wù)，行使特定的國(guó)家行政權(quán)力,，其行政首長(zhǎng)均為國(guó)務(wù)院組成人員（由全國(guó)人大常委會(huì)任免）,。國(guó)務(wù)院直屬機(jī)構(gòu)是在國(guó)務(wù)院統(tǒng)一領(lǐng)導(dǎo)下，主管某項(xiàng)專門行政業(yè)務(wù)的機(jī)構(gòu),。其行政首長(zhǎng)經(jīng)國(guó)務(wù)院常務(wù)會(huì)議討論決定,，由總理任免，他們不是國(guó)務(wù)院的組成人員,。

3.從名稱上來講,，國(guó)務(wù)院組成部門一般叫XX部、XX委（不完全是）,；直屬機(jī)構(gòu)一般叫XX局（不完全是）,，所以經(jīng)常把他們合起來叫部委辦局,，把部委放在了前面,。

4.參加會(huì)議上有區(qū)別。大到國(guó)務(wù)院，小到市里的政府常務(wù)會(huì)議,，組成部門的負(fù)責(zé)人是需要參加會(huì)議的,，直屬機(jī)構(gòu)的負(fù)責(zé)人是沒有資格參加會(huì)議的，除非本次會(huì)議有涉及該部門的事情,，這樣負(fù)責(zé)人才可以列席,。（舉例：本次會(huì)議討論到安全生產(chǎn)問題，那么原安監(jiān)總局的領(lǐng)導(dǎo)才有資格去參加會(huì)議,，而本次會(huì)議無(wú)論討不討論經(jīng)濟(jì)問題,，發(fā)改委主任是必定參加的）