1,、很難避免非法侵?jǐn)_。網(wǎng)絡(luò)是一個開放的環(huán)境,，在這個環(huán)境中一切信息在理論上都是可以被訪問到的,，除非它們在物理上斷開連接,。因此,，網(wǎng)絡(luò)下的會計信息系統(tǒng)很有可能遭受非法訪問甚至黑客或病毒的侵?jǐn)_，一旦發(fā)生將造成巨大的損失,。

　　2,、電子商務(wù)給內(nèi)部控制出難題。隨著電子商務(wù)的迅猛發(fā)展,，網(wǎng)上交易愈加普遍,，可以想象在不久后企業(yè)的全部原始憑證都將成為數(shù)字格式，這加強(qiáng)了企業(yè)對網(wǎng)上公證機(jī)構(gòu)的依賴,。但直到目前相應(yīng)的技術(shù)和法規(guī)還遠(yuǎn)沒有達(dá)到完善,，這也給系統(tǒng)的內(nèi)部控制造成困難。

　　3,、內(nèi)部稽核難度加大,。若要信息系統(tǒng)進(jìn)行審核，則必須克服下列幾項問題：企業(yè)可能會擔(dān)心相關(guān)內(nèi)部資料暴露于外,，影響其競爭能力,；稽核必須運用更復(fù)雜的查核技術(shù)，會計師必須培訓(xùn)具備復(fù)雜電腦資料處理能力,，定能勝任此項工作,；稽核將大幅增加查核所需的時間與成本。

　　4,、網(wǎng)絡(luò)環(huán)境下無形資產(chǎn)轉(zhuǎn)移難以控制,。無形資產(chǎn)是一種動態(tài)資產(chǎn)，如人力資產(chǎn)的轉(zhuǎn)移無須借助外界的力量即可發(fā)生,，在利益機(jī)制的驅(qū)使下在網(wǎng)上很容易轉(zhuǎn)移,。